Het toezicht op Nexstep valt onder de verantwoordelijkheid van de Raad van Bestuur, geleid door zijn voorzitter. De bestuurders worden geleverd door NOGEPA (3) en EBN (2). Het Ministerie van Economische Zaken heeft een zetel als permanent waarnemer. Twee (2) andere zetels zijn gereserveerd voor geassocieerde leden.

Belangrijke taken van de Raad van Bestuur zijn het toezicht houden op het werkprogramma en de begroting, het installeren van commissies en het werven en begeleiden van de algemeen directeur.